全州县历史悠久，春秋战国时期为楚国的青阳郡（长沙）之零陵，秦统一后秦王嬴政二十六年（公元前221年）在零山（今海洋山）舜帝陵墓附近，设立长沙郡零陵县（今咸水西南）。西汉元鼎六年（公元前111年）建立零陵郡（改迁到凤凰乡建安司）及公元前111年置洮阳县，郡治在零陵县。隋开皇十年（590年）废洮阳和零陵，并置湘源县，县治在今全州镇柘桥村委罗家村。后唐天成元年(926年),李嗣源称帝,因避其讳,改湘源县为湘川县。五代后晋天福四年（939年）楚王马希范向后晋高祖(石敬瑭)奏准，将湘川县改为清湘县,并置全州，以全义岭（今越城岭）之全字命州名，并改附郭湘源县为清湘县。
北宋沿之，清湘县属于荆湖南路永州府全州，管辖建安镇、宜湘镇、西延镇。南宋设置不变。元至元十四年（1277年）4月设立全州安抚司，6月改设全州路总管府，属湖广行省湖南道管辖；县下有五站：建安、咸水站、黄沙站、三角站、柳浦站（今庙头白果村）。明洪武元年（1368年）改全州路为全州府，洪武九年（1376）年降为州，撤清湘县并入全州，1395年8月改隶广西省桂林府，设立西延巡检司、建安巡检司、柳浦巡检司、平塘巡检司。清代为广西省桂林府全州，设山枣、黄沙关、宜湘镇、西延镇；后期分为升平、长乐、万全、恩德、宜湘、建安共六乡。太平天国时期曾经为避洪秀全讳改名“荃州”。民国元年（1912年）废州改全县，灌阳从此脱州属省直辖。1935年将西延区分出，组建资源县。1949年11月17日解放。1952年资源又与全县合并，1953年又分出资源县。1959年改称全州县。1971年起属桂林地区，1998年改隶属桂林市。
全州清代康熙28年（1395年）行政划分为六乡一分州：1、长乡，全称长乐乡（清湘镇、才湾、绍水高田秀石大渭洞、龙水百福及长井）。 2、升乡，全称升平乡 (永岁、黄沙河、庙头、文桥一带)。3、万乡，全名万全乡（龙水、大西江一带）。4、宜乡，全称宜湘乡（咸水、绍水、界首一带）。5、建乡，全称建安乡（清史稿—卷73）；界首、凤凰、安和、蕉江一带。6、恩乡，全名恩德乡（石塘、两河、枧塘、朝南、白宝、东山一带）7、一分州：西延分州（资源县中峰、梅溪、延东）。8、州城分为6隅（东隅-东门、西隅-板桥头、南隅-大南门小南门、上北隅-桂黄北路、下北隅-朝京路、降原隅-桂黄中路）
民国24年分为五区一特别乡一镇：1、升平区：辖里仁乡、里智乡、义兴乡、福禄乡、福寿乡、等觉乡、同一乡、太平乡、永岁乡、永安乡、尚义乡、崇德乡、兴仁乡13乡。2、恩德区：辖永康乡、永健乡、永强乡、永绥乡、永宁乡、永靖乡、乐田乡、福里乡、清泉乡、昭仪乡、屏山乡、金山乡12乡。3、建宜区：建和乡、建平乡、建康乡、建宁乡、宜仁乡、宜义乡、宜礼乡、宜智乡8乡。4、长万区：辖山川乡、新乐乡、四里乡、四维乡、万合乡、万全乡、万德乡、万福乡、保安乡、和衷乡、共济乡11乡。5、西延区：辖延东乡、延中乡、延北乡、中峰乡、梅溪乡、枫木乡、瓜里乡、五排乡8乡，1935年7月析出成立资源县。6、内建特别乡：计25村, 清湘镇（今全州镇）：计15街
1951年，中央少数民族访问团深入瑶寨，并着手民族区划工作，将原属湖南道县的白岭、六字界，原属湖南零陵的黄腊洞，原属广西灌阳县的雷公岩、杉坪、班固、古木、斜水、吊水坪、老村等瑶族村寨划归全州县，9月27日成立东山瑶族自治区。当时总人口1．8万人，其中瑶族1．4万人，选举盘国堤(瑶族)任区长。1955年更名东山瑶族乡。这是广西最早批准建置的民族乡。西延，明洪武二十八年(１３５９年）随全州划归广西桂林府辖，清设全州西延分州，民国二十四年（１９３５ 年）划兴安县越城区车田、浔源两乡和全州之西延区,始建资源县。古俗语讲：长万二乡出白米，宜建二乡动刀枪(多武举进士)，恩乡多苦累，富贵落升乡(多文举进士)。1950年5月，全州县的兴田、福里（后改名百里）、下界首三村街划归兴安管辖。1957年秋全州县凤凰区宅福小乡的宅福田、仰田、紫福田、屯川村，畔毗小乡的龙井塘、铁炉塘、水岗头、月亮山、枫木山李家划归兴安县。
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