三、破城屠城
全州城虽然不大，但城墙从宋代始建，后又历经元、明、清数次扩建，总面积一千亩左右。城墙从板桥头至黄陡坡称西城，现城关完小旁边有一西门，东南城墙旁江而建有东门、南门、小南门，北城自黄陡坡至现农械厂一带再折向北过北门至江边接东城墙。墙体全是条石建造，非常牢固。高二丈，厚三丈加上护城河宽八、九丈，城墙上的守军又早有防备，攻了半天也无法破城，傍晚时分，鸣金收兵。太平军连夜赶制了三台吕公战车，第二天又从城西和城北两处攻城；旧时的吕公车是上面象梯子，下面是能推着走的木车，木车里面及车后可躲藏士兵，梯子前面有桅板可挡住城上射下来的子弹和竹箭，一旦靠近城墙，木车内的士兵便爬上城墙攻入城内。它是一种始于春秋时期的攻城战具，优点是不怕刀箭、子弹的攻击，弱点因是木头制成的，如遇油火攻击则车燃人亡。
当时的全州城防兵力并不多，加上从各乡抽调上来的乡勇团练总共才六七百人，还有就是在太平军围攻桂林时，湖南宝庆兵都司武昌显骑一匹大白马，率五百湘兵驰援桂林时，路过全州留宿。全州知州曹燮培设下温床美酒。盛情款待，力劝其带兵助守州城，并许诺事成后重金厚谢，次日，武昌显探得围攻桂林的太平军正准备撤围北上的消息后，所以才被挽留下来共同驻守全州城。在太平军攻城时，为了增加城防兵力，武昌显又献计将牢中罪犯、死囚一并放出，许诺“杀一长毛免其罪，杀二长毛有重赏”。同时还在城内招集青壮年男丁集训参军。一时可战之人有千六七百人之多。当太平军用吕公车攻城时，知州曹燮培就强令留在城内的百姓青壮年穿上号衣上城助守，妇女老人则帮助熬煮桐油稀饭另加入大便等制成高热脏物，浇泼爬城的太平军战士，又强制征收了城内的八大香油坊的菜油制成火箭和火油包。专门对付吕公车。再说外围的援军绿营军总兵余万清、刘长清率各路集结而来的数万大军从桂林一路尾追，当追至柘桥时见飞鸾桥已被太平军焚烧，全州城被团团围住，柴头岭及半边街又有太平军把守。两总兵一合计，只好驻扎在从鲁板桥、大新至太平铺一带，共设有四十八个大兵营。全州知州曹燮培三次写血书向其求救，余、刘二人因从桂林至兴安途中与南王迂回交战时吃尽了苦头，所以不敢与太平军正面交锋，只是观望不前，造成威胁之势。
太平军一连数日围攻都未破城，伤亡较大，据清方《贼情汇篡》所记防守战役时说道：至守城歼贼最多则莫过全州之桐油糜淖。加上当时潮湿的水南风天气，又缺医少药，烧伤的伤口不断恶化腐烂，一时军营里腐臭难闻，唉哟连天，士气一时下降。6月1日傍晚时分，南王伤势略微好转，便由几个亲兵掺扶着沿城墙察看，哇！好一座坚城，护城河深三丈、宽九丈，城墙高二丈有余，外墙又均用青石围砌，难怪连日来苦攻不下。南王低头沉思，忽的一支老鼠从脚旁串过逃走，钻进鼠洞，又见地下均为黄土结构，一时灵感顿生能不能挖地道……南王马上回营，与东王杨秀清、翼王石达开密议后，把当年在龙山挖银矿的矿工将士们抽选出百余名精壮矿工，由翼王石达开的一个远房舅舅领头，组成一个地道挖掘队。次日早上，矿工们根据地形，决定从西门的江西会馆下面（现城关完小大门边）挖掘地道，直通城墙脚下。为了不让城上守军发现，又在西门附近的民房上架了两门小炮，不断轰击城墙上的守军，使墙上的守军不能站立观察，也就发现不了有人在掘地道入城。又着人到半边街棺材铺买来一付大号棺材，里面充入十余石火药，并用竹杆打通竹节装火药做引线，引出后再将沙袋、石块填封。6月2日下午，天王为鼓励人心，提高士气，又在湘山寺大门口立一高台焚香祭天，并传天父意旨，定于次日午时为破城之时，为了免伤及无辜，义军除了对城内喊话外，还用竹箭扎上传单射入城内，告示城内百姓，决定将州城的小南门定为生门，凡城内百姓均可在破城前从生门逃生，（因为小南门对面要过河滩，难民逃出是慢慢行走，不适合官兵逃生），一切安排妥当，全军上下磨刀擦枪，士气高昂。
6月3日卯时地道掘成，已时填装火药完毕，午时三刻“轰隆”的一声巨响，城墙被炸开两丈多宽的一个大缺口，据《平桂纪略》记载“于西门江西会馆穴墙置炮，轰击西门守陴者不能立，乃立民房穴城下置火药十六石，火发城崩二丈余秀全率部攻入城中。”战士们将早准备好的捆捆柴草丢入护城河中将其填平。在炸城墙的火药硝烟还未散去之时，太平军大队人马鱼贯而入，一时杀声惊天，不到一个时辰便控制全城。将士们报仇心切，入城后便大开杀戒，不论男女老弱，兵勇平民，一概不留，同时洗劫数间钱庄、当铺后又放火烧毁。南王见杀戮太重，便请求天王传令尽量少杀人，平民百姓可以放过。值得庆幸的是：有一太平军头目是黄沙河竹塘人，姓蒋名生翎，（全县县志，杂记篇有记载）自幼读书练武，交结侠士，在乡里爱打抱不平，有较大的志向，后因患官司，遭官府追捕，太平军在金田起义时，他急趋投奔在北王韦昌辉部下任职，城破之时蒋生翎率兵从北门攻入城内，他不忍残杀同乡人，便故意放开一条生路，有二百余百姓及化装的乡勇从北门向外往汤家一带逃生，未化装的官兵乡勇则一个不留全部砍杀。次日，天王下令午时封刀，下午清点战绩得知：破城后共歼灭清军及团练等一千三百六十五人（包括助战的宝庆都司武昌显，前任知州瑞麟，本任知州曹燮培及参将杨映河等大小官员十七人，参加守城的平民被杀数目尚未统计在内。此千余清军及乡勇、团练的人头被砍了下来挂在城西至城北一带的城墙上，连挂四日，阴森吓人，尸臭数里难闻，当时的全州城就象一座活脱脱的鬼城。太平军走后，地方乡绅们出资将全体遗骸葬于西郊黄土坡外的两义冢，也称为千人冢。因参与守城的平民百姓被杀后大都被推入二家当辅和三家钱庄内烧成骨灰。后据《盾鼻随闻录》记载，当时全城遭屠者约四千余人。
6月5日，义军分水陆两路整装北上。太平军在全州征缴了大量船只，此时共有大小船只二百多艘，全城的谷粮钱币一扫无剩，粮草辎重尽行装船。水陆两军浩浩荡荡沿湘江而下。