辣椒落花落果的原因很多，有生理方面的，也有病理方面的。
辣椒喜空气干燥而土壤湿润的环境，如气温偏高(超过35度)，即影响授粉、受精，又易引起植株徒长，使植株同化功能减弱，呼吸消耗增加，引起子房枯萎，花丝干缩，致使落花落果，或遇到较长时间的阴雨天，使光照不足，温度下降(低于15度)，也会影响授粉及花粉管的伸长，导致落花。
土壤干旱，水分不足，空气蒸发量大，也会抑制植株对肥水的需求，引起落花落果。而水分过多，通透性差，使根系呼吸和生长发育受阻，甚至沤根，也会引起落花落果。
氮肥施用过多，造成植株徒长，其营养生长和生殖生长失去平衡，使辣椒的花、果营养不足或营养紊乱而引起落花落果。栽植过密，导致通风不良，光照不充足，光合作用减弱，雄花发育不良，都会使第一二层的花果脱落。那么，如何防治辣椒落花落果呢？其主要措施如下。
实行轮作
选用抗病、耐病品种，栽植无病虫的健壮苗，不栽伤根断叶苗，合理密植，改善通风条件，调节好田间小气候，使植株有个好的生长环境。
加强管理
棚栽辣椒要通风排湿，在开花结果阶段应加大通风量，白天棚内温度保持在25－28℃，晚上温度保持在15－18℃，开花期最低为15℃。棚内提倡膜下浇水，勿大水漫灌。通过科学栽培，提高植株的抗逆能力。
严控肥水
未坐果前不浇水追肥，控制营养生长，促进生殖生长，追肥时应增施磷钾肥，减少氮肥用量，进入盛花期、坐果期，果实迅速膨大，应增加氮、磷、钾的施用量。
保持湿度
辣椒喜土壤湿润，一般要求空气湿度在55－65%，土壤湿度15%左右，如高于18%则会影响根系发育和植株生长，但进入盛果期宜保持土壤湿润。
病虫防治
辣椒主要病害有病毒病、炭疽病、绵腐病等，病毒病还能使植株萎缩，不能分枝生长，严重影响产量。
由蚜虫引起的病毒病应彻底及早防治蚜虫，把其消灭在点片阶段，可用吡虫林、乐果、敌敌畏防治，以减少病毒病的传播；蛹虫可用杀蛾剂或石硫合剂防治。发生病毒病可用病毒A、植病灵防治，炭疽病、绵腐病等其它病害可用普力克、速克灵、扑海因、多菌灵、甲基托布津等药剂防治。可施用辣椒壮蒂灵增强植株抵抗病虫害的能力。
除以上措施外，还可用激素处理，如用防落素等抹花，也可起到防止落花的作用。