夏季辣椒死株主要是由茎基腐病、枯萎病、根腐病、热雨涝害等造成的。也有的是由于夏季高温多雨、旱害等造成的“三落现象”———落花、落果、落叶，致使人们疏于管理而死株。各地应首先判断辣椒发生死株的病因，然后对症治疗。
辣椒枯萎病的表现是在开花结果期植株生长缓慢，下部叶片变黄，逐渐向上发展。中午叶片萎蔫，夜间恢复，反复数日后，全株萎蔫枯死。有时半株发病，半株健全，在病情急剧发展时，则全株萎蔫。病株茎基部表皮多纵裂，节部和节间出现黄褐色条斑，常流出松香状的胶质物。潮湿时，长出白色、粉红霉层。可见维管束和根部变黄褐色，腐烂，极易从土中拔起。横切病茎，可见维管束呈褐色。
辣椒根腐病在发病期，近地的茎上病斑呈水渍状，稍凹陷，后腐烂，主侧根全部腐朽死亡。该病危害根部，不向上发展。
辣椒茎基腐病的表现是从大苗开始发生，在定植后发生严重。在茎基部近地面处发生病斑，初呈暗褐色，后绕茎基部发展，致皮层腐烂，地上部叶片变黄。果实膨大期因营养与水分供应不足而逐渐萎蔫枯死。发生的外部原因是土壤过度潮湿，植株密度太大，通风不良；土壤中由于连作，病菌积累过多，地温过高等。近年来发生严重的人为因素是：定植时苗龄愈来愈大，过大的地上部，定植时人们不注意，植株摇动厉害，很易造成基部茎产生伤口。加上覆盖地膜、上架、引蔓等管理，造成的伤口更多。
上述3种病由真菌传染。病菌在土壤中可存活多年，连作时发生严重。
防治方法：
1、轮作实行与非茄果类作物3-5年以上的轮作。苗床2-3年应调换地方，或改换新土。
2、改良土壤、施用免深耕土壤调理剂在重病区或重茬地，结合整地，每公顷施入熟石灰粉1200-1500千克，抑制病菌发展。施用免深耕土壤调理剂，使深层土壤疏松通透，通过下雨或浇水淋溶，降低土壤上层的病菌浓度，减轻发病。
3、种子育苗催芽前应进行种子消毒，常用的方法有：温汤浸种；干热处理，将干种子放在70℃-75℃的恒温中处理5-7天。
4、栽培管理选地势高燥的田块栽培，尽量利用垄作、高畦或半高畦栽植；控制浇水量，雨季及时排水，防止涝害；施肥注意氮、磷、钾配合应用，防止缺肥或氮肥偏多。定植时注意剔除病苗，减少定植后的发病率。定植时尽量利用苗龄较小的秧苗，以减少机械损伤。在定植、覆地膜、上架等管理过程中，轻拿、轻放，尽量避免造成伤口。定植后，发病初，在茎基部施用拌种双药土。为了减少伤口，生长期尽量不要培土。
5、药剂防治发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液；或50%甲基托布津400倍液；或10%双效灵Ⅱ水剂200-300倍液；或农抗120的100倍液；或48%瑞枯霉水剂800倍液，每株灌根0.25千克药液，每10天1次，连续2-3次。