唐咸通八年(公元867年)二月初八日,全真法师说罢“秋去叶须落,春来花自开暠的偈语后便无疾而逝。僧众在笋布台下修建院龛,将其真身移人其中。乾符元年(公元874年)刘瞻捐资修建了宝塔,次年塔成,全真真身始由院龛移置塔中,此塔称古塔。
宋仁宗天圣二年(公元1024年),僧人志松将原塔增高到二丈二尺,将全真法师生前的遗物及平生著述《遗教经》一并收藏于塔内。但该塔只是在旧基础上增高,故仍称古塔。
宋元丰三年(公元1080年)夏天,山洪暴发,全州城遭洪水浸淹,百姓在生命财产垂危之时,似见神助,水退灾平后,士民皆以为是全真法师佑护,郡守李时亮立即决定给法师修建一座七层宝塔。次年,李时亮被调离,修塔一事便搁置下来。但僧众却四处募捐,并在飞来石下铲平石块、打好地基,并请从潭州(长沙)来的智允法师主办其事。元禧元年(1086年)邑人朱浩母病,浩去佛座前许愿,母亲死而复生,朱浩认为是法师佑助,决心辅助智允法师建塔,至元祜七年 (公元1092年)终于修成了一座高11丈的七层宝塔,塔为八角八面,每边长1丈,中间空,八面开窗,行人可以在塔内行走、登顶。二月初八日,法师真身亦移人新塔。绍兴五年(公元1135年)七月,宋徽宗南下礼佛,敕封新塔为“妙明塔”。时全真已逝世268年(《湘山志》说为276年,计算有误),但形容仍似生前。
该塔自修建至今已历经960多年,其间虽几经兵火洗劫,也经多次修整,但塔基稳固,雄伟如初。
元武宗至大年间(公元1308—1311年),铁山长老到高丽国(今韩国境内)去行募捐,得高丽国王赞助,至大四年(公元1311年)他派专使给妙明塔送来金轮相顶(能晚上发光的宝珠),给湘山寺送来八宝昆庐(如来佛像)、凤翅帽、金字《华严经》、金绣千佛袈裟、金钵盂等六件宝物。七月初六、初七两天,全州的士商僧众集中塔前顶礼膜拜,把衣帽披戴在法师的遗体之上,隆重的礼仪,更使湘山寺和妙明塔声名远播。2002年农历元宵节,一韩国使者来全州参拜佛像,还问及此事,右丁见影响之大。
明万历十四年(公元1586年)二月初八夜,妙明塔内突然起火,寿佛的真身被焚火化,只剩齿骨,从咸通八年法师去世,至明万历十四年真身自焚,历时719年,也算得世上奇迹! 但塔并未损坏。当年,蕲州(湖北省内)太守李同春过全州,为感寿佛灵验,到海南买来香料,捐金重塑真身,将火化所存齿骨,纳人塑像,法师重又栩栩如生。
此后,妙明塔一直高耸于飞来石下。康熙四十二年(公元1703年)曾重修过宝塔第七级,其他时间也曾稍为修整过,但;原貌犹存。妙明塔不仅是湘山寺的代表,也成为全州古县的象征。“湘峡归云”更是全州八景之。明人顾磷有《古塔境》诗一首,专咏寿佛藏身的意义及给后人的影响,其诗云:
古塔已千载,白骨为黄金。
寒灯耿不灭,照见西来心。