大棚蔬菜种植品种多，生长周期较短，复种指数高，科学合理安排好连年重茬大棚内蔬菜种植茬口，实行叶菜类、瓜类、茄果类、豆类不同种类的蔬菜合理轮作，可恢复与提高土壤肥力，减轻病虫危害，增加产量，改善品质。
一是根据根的深浅不同合理轮作。如深根性的茄子、豆类同浅根性的白菜、葱蒜类轮作，土壤中不同层次的肥料都能得到利用。
二是根据需求肥料种类不同合理轮作。如青菜、白菜、菠菜等叶菜类需要氮肥较多，瓜类、番茄、辣椒等茄果类需要磷肥较多，马铃薯、萝卜等根茎类需要钾肥较多，把它们连作栽培，可以充分利用土壤中的各种养分。
三是改进土壤结构合理轮作。豆类蔬菜有根瘤菌固氮，可提高肥力，接着种植需氮较多的白菜、茄子等，再次种植需氮较少的根菜类的葱蒜类。
四是互不传染病虫害合理轮作。不同种类的作物轮作，能改变病虫的生活条件，达到减轻病虫害的目的。如葱蒜类后种植大白菜，可大大减轻软腐病的发生。
五是注意不同蔬菜对土壤酸碱度的要求。包白菜、马铃薯等种植后，能增加土壤酸度，而南瓜、黄瓜种植后，能减少酸度，故对土壤酸度敏感的洋葱收获后种植南瓜后可增产，种植包菜则减产。
在实际生产中，大棚内的温度、湿度、光照等环境条件与外界明显不同，各种蔬菜在不同大棚内加强合理轮作的同时，还要注意增施有机把（粪肥），讲究有机肥与化肥的配合，氮磷钾与中（硅、硫、铁、钙、镁等）微（硼、锌、钼等）量元素肥料的配合，以满足大棚内蔬菜的正常生长需要。