袋栽香菇易发生污染，除了工艺技术复杂、生产技术水平较低、条件简陋等原因外，还与原材料、菌种、塑料袋的优劣、生产和管理粗放、长期应用纯化学药品消毒防效单一、杂菌产生了抗药性等方面有关。为了有效地解决污染难题：
一、培养基的配制培养基可以采用常规木屑、麸皮、棉子壳、玉米芯及农作物秸秆等培养基配方。料水比为1．0:（1.2-1.3）左右，特效防污剂0.4%-1.0%。拌料时应按防污剂的用量比保持同一用量或浓度，一次或分次溶于拌料的水中，充分溶解搅混均匀后施入拌均匀的干培养料中，用铁锨反复使劲拍拌培养料，让防污剂充分浸入培养料中，达到均匀后，即可装袋。
二、装袋、灭菌装料应选用0.04毫米以上韧性强、薄厚均匀、不易脆裂、无破漏的优质聚乙烯或聚丙烯塑料袋（筒）。制种时应把料装得松紧适度，栽培时适当把料装紧实，装至袋口6~10厘米左右按平料面，用塑料扎绳扎紧袋口或按常规方法封口后即可灭菌。一般温度达100℃维持4-8小时（小袋4-5小时，大袋6-8小时）左右。如塑料袋较大装料较多，可适当延长灭菌时间2-4小时。灭菌后取出培养料袋放入按种室降温至25℃或冷却后，用1.5%的防污剂对接种室均匀喷雾消毒（也可按常规方法消毒），20分钟后即可进行接种。
三、接种、培养接种应选用抗逆性强、出菇和转潮较快、生长周期较短、高产优质、无污染健壮菌种，以缩短生长期，减少病虫危害。接种时，可采用一端或两端接种等方式，昼把菌种挖取成块状，适当增加接种量，促进菌丝较快地生长，缩短发菌期，提高栽培产、质量。接种后移入培养室进行培养。培养应选用保温、通风、降温等条件较好的室内作培养室。使用前用防虫、消毒剂进行处理后，将接种的培养料袋移入竖直或横码于室内的培养架上，温度保持在20-25℃左右。培养10天左右应翻袋检查成活及有无污染。如有未成活和污染的培养料袋应拣出培养室，并查找原因，采取补救措施（挖去未成活和污染菌种，消毒后补接种）。在培养期间应做好保温保湿、降温、翻袋换位、消毒和防虫等工作。当菌丝满袋后再培养一段时间，菌丝体稍收缩变紧实，即可作菌种，或进行出菇管理。
四、小结本技术最适原种制栽培种及栽培袋，也可制母、原种，并适宜平菇、鸡腿菇、白灵菇、榆黄菇等多种食用菌制种栽培应用。如能充分合理地利用适宜的自然温度并与人工调控措施结合，用高中低温型搭配或交替栽培，可形成周年化生产。在生产中只要掌握好料水比，充分拌匀料，选用优质塑料袋，按防污剂用量保持均一浓度，做好消毒预防等关键环节，一般无污染发生。如用1%的防污剂溶于拌料水中充分拌匀培养料，即可装袋、接种、培养，免去常规来菌环节直接进行生料制种栽培。消毒、防治杂菌可按1.5%-2.0%的用量。使用防污剂时，应不低于最低用量，不需加入其它杀菌剂，如需增强防效只需适当增加用量即可。