在早春水稻育秧时节，往往出现低温寒潮或阴雨连绵，如秧田水层管理不当，可造成秧苗衰弱，根部吸收能力减退，苗体上下水分平衡失调，病菌亦乘苗体虚弱而侵入，从而导致水稻烂秧。其防止措施如下：
透水通气 秧田既要透水，以利种子发芽出苗，又要通气，便于秧苗扎根生长，从而可有效防止烂秧。具体做法：先将稻田耕耙整细，起沟做畦，施足底肥，把畦面泥块打碎，初步耙平；然后放水浸泡，再进一步把畦面整平。
计划育秧 掌握适宜播期和确定适宜秧龄，以避免烂秧。水稻正常出苗所需的温度为15℃，因此在露地育秧时，当气温稳定上升到12℃时开始播种为宜。若育秧早，气温较低，稻苗生长慢，秧龄宜适当长些；若育秧晚，气温较高，稻苗生长快，秧龄则宜短些。
稀播匀播 秧田播种量应根据秧龄长短及育秧时节气温高低而定。原则上要求稀播匀播，使每株秧苗都能得到足够的阳光、空气和养料，茁壮生长。如播种过密，则会造成后期秧苗受光量减少，影响同化作用，发根力降低，苗体不壮，易烂秧。一般情况下，春稻田20天以内的小苗，每亩下种180~200公斤；秧龄30天左右的大苗，每亩下种80~100公斤。
培育壮秧 培育壮秧是水稻高产的基础，也是防止烂秧的前提。可采用湿润育秧办法培育适龄壮秧。在立苗期，一般只在秧田沟中灌水，保持田面湿润通气，而不灌水上田面，促使种子迅速生根立苗。在扎根期，要灵活掌握水层，防冻防晒。保持秧田既有水又通气，以利扎根保苗。