农业防治选择地势高燥，排灌方便的地块种瓜。土地应深翻，促使50厘米深的土壤疏松通透，促进根系生长发育，提高抗病力；避免连作，与非瓜类作物进行轮作换茬，降低发病率；施用腐熟好的有机肥，适当增施磷、钾肥，控制氮肥用量；清洁田园，将病株残体集中于田外烧毁；采用无病的大田土育苗，防止幼苗感染；发病严重的地块，可用抗病的葫芦做砧木嫁接育苗。
物理防治将干西瓜种子，在70℃恒温箱中处理72小时；用55℃温水浸种20～30分钟。
药剂防治选用40％的甲醛150倍液浸种1～2小时后洗净晾干播种，或50％的多菌灵可湿性粉剂用50℃～60℃温水配制成1000倍液浸种30～40分钟，洗净后催芽播种。药剂处理土壤，用50％的多菌灵可湿性粉剂每亩3～5公斤，拌土200公斤，均匀盖种或施于定植穴内；发病初期用50％的多菌灵可湿性粉剂500倍液，或2％的农抗120水剂200倍液灌根，每株0.25～0.5公斤，防治1～3次。