主要指烂秧和疫霉病。二者是水稻苗期两大病害，可直接造成死苗，严重者死苗率高达70%以上。
症状 疫霉病主要为害秧苗叶片。感病初期叶片上产生黄白色，圆或椭圆斑点，环境适宜时迅速发展，呈灰绿色水渍状不规则条斑，病斑扩大，相互愈合，叶片病部发生纵卷或折倒。在高温条件下，病斑上常产生白色霉层。后期病斑变褐，中间灰褐色，有灰白色霉层。一般情况下，该病多造成中、下部叶片枯死；在严重发生时，也可使整株幼苗枯死。
烂秧可分生理性烂秧和传染性烂秧。生理性烂秧可分烂种：①播种后，尚未发芽就腐烂了；②烂芽：芽谷下田后，尚未转青就死亡，幼根、幼芽发生卷曲，并逐渐呈黄褐色，生长停止，严重时，幼根腐烂，幼芽变褐枯死，或下弯成钩状。受害较轻者，在天气转暖，幼芽基部又出现绿色，重新长出新叶。在北方稻区秧田内还常发生黑根病。播种后1～2周，种壳及种根表面变黑周围土壤变黑并有强烈臭味；③烂苗：多发生在2～3叶期，指秧苗受低温冻害后，受害严重者，一旦天气暴晴，出现青枯死苗，先心叶筒卷，逐渐基部呈污绿色，叶色较青，最后萎蔫死亡。受害轻者，从叶尖到基部，从老叶到嫩叶逐步变黄，最后呈黄枯死苗。传染性烂秧分①立枯病：多发生在温差大或低温发芽不良情况下，幼芽幼根变褐、扭曲、腐烂，2～3叶期病苗根暗白色有黄褐色坏死，茎基变褐，软化腐烂，心叶萎垂卷缩，全株黄褐枯死。病苗茎基部有白色、粉红色霉状物或灰黑色霉状物。②绵腐病：秧苗生长初期遭冻害，又在污水灌溉及长期深灌条件下，在种根种芽基部颖壳破口处产生乳白色胶状物，逐渐向四周长出放射状白色绵毛状物。
病原 生理烂芽是在种子贮藏期其受潮，或在浸种过程中，温度掌握不好，使种子受热或过冷造成的，或深水淹灌，幼芽缺氧窒息。生理烂秧主要是因低温袭击，冷后暴晴和温差过大所造成的。
传染性烂秧病原。疫霉病：Phytophthora fragariae var oryzae-bladis Wang et Lu 为真菌,属鞭毛菌亚门疫霉属.该病菌喜低温(15～25℃)高温（90%以上）。立枯病：可由多种病菌侵染发病，主要病原菌为尖孢镰刀菌（Fusariun oxysporium Schl）为主。绵腐病：引起该病的病原菌种类也甚多，其中以腐霉属（Pythium spp.）和绵霉属（Achlya spp.）中的一些病菌最为常见。以上这些病菌普遍存在于水中和土壤里，营腐生生活，寄生力弱，当外界环境影响稻苗，使其生活力下降时，病菌易侵入为害，而生长健壮的秧苗一般不会受害。
发病特点 育秧期低温阴雨，低温前异常高温，冷后暴晴，温度过高，大风降温及寒流袭击，均有利烂秧和疫霉病的发生。种子税壳破伤、贮藏受潮及秧田水淹稻种，易诱发病害。秧田位置过于空旷易受冷风袭击，背阳低洼，温度低而积水；秧田土质过软，覆土过厚，造成种子缺氧环境；秧田土壤盐碱含量高，造成植株吸水困难；秧田施用未充分腐熟的有机肥，排水不良，深水淹灌等均有利病害发生。种子自身抗寒能力差，也易发病。
防治方法 以提高育秧技术，改善环境条件，增强稻种、幼苗的抗病能力，适时进行药剂防治为原则。
（1）提高秧田质量。选背风向阳、土质好、平整、灌溉方便的地块做秧田；多施彻底腐熟有机肥作基肥，提高土壤通透性。
（2）做好晒种、选种工作。
（3）适时播种。抢寒流尾暖头播种，播种要均，覆土以草木灰最好，保温保湿。
（4）科学管水。前期湿润灌水，中期（现青到3叶期）浅水保湿，后期（3叶后）浅水勤灌。遇大风降温天气，深水护秧，寒流过后立即排水。
（5）加强管理。做好冒青后扎根期、3叶期、4叶期3次追施速效肥，盖膜秧田注意适时通风炼苗。
（6）药剂防治。以预防为主，药剂可选65%敌克松700倍液或50%多菌灵800倍液或50%托布津1000倍液喷雾。药前排水，药后两天内不灌水。