我国栽培的蘑菇，在植物分类学上属于真菌门，担子菌纲，伞菌目，伞菌科，蘑菇属。我国通常所说的蘑菇有双孢蘑菇、四孢蘑菇和大肥菇等，其中以栽培双孢蘑菇为最普遍。双孢蘑菇中又有白色、棕色和奶油色三个变种。白色变种俗称白蘑，原产法国；棕色变种俗称棕蘑，也称波希美亚种，是英国的代表种；奶油色变，又称哥伦比亚品系，因质量差，很少栽培。
蘑菇可分为菌盖、苗柄、菌褶和菌环。菌盖的颜色，依品种有白色、褐色等。菌伞充分开展约15－20cm。菌柄白色至灰色，着生于菌伞的中央，充分长大时，长可达5-12cm，横径2－3cm。菌环是一层薄膜，着生在菌柄的上端，与菌盖的边缘相接。菌褶生长在菌盖的下面，呈片状，每一菌伞中有500－600片。当菌盖初开时，菌褶呈粉红色，菌褶上的孢子成熟时，呈黑褐色。
在菌褶的两侧表面生很多棍棒状的担子和与担子形状相似的许多不实的细胞，在担子的先端再生2个微小的子梗，每一子梗的顶端各生孢子一粒。孢子极微细，其测量记录为6.3－7.6×4－5m，在显微镜下观察，褐色、椭圆形，一端尖似瓜子。
蘑菇属于同宗结合的真菌。担孢子在适宜的条件下萌发，长成单核菌丝体，叫初生菌丝体两个细胞结合，融成一个双核细胞的菌丝体，叫次生菌丝体，此种菌丝体方能产生子实体。
蘑菇的菌丝体处于干涸不利的条件下，菌丝体细胞的内含物浓缩于一处，并为厚壁所包被，便形成厚垣抱子，能忍受长期的干旱和其他不良条件。在干燥明凉的环境中可以存活3年，甚至更久。当重新处于适宜的条件下，即萌发而形成菌丝体。