一、利用害虫习性进行防治 菌蚊可用人工捕捉，将发生瘿蚊的菌袋放在阳光下曝晒１－２小时或撒上石灰粉，能有效杀灭瘿蚊。
二、诱杀防治 蚊蛾可用黑光灯或节能灯诱杀。操作方法是在灯下的水盆中放入０．１％的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死。此外，在强灯光处放置涂有４０％聚丙烯的粘虫板可诱杀腻虫。
三、曲霉的防治 及时清除废料，瓶装料时料不能与棉塞相接触，装瓶完毕后洗净瓶口，除去杂物，保持棉塞清洁。食用菌采收完后施用５ｐｐｍ的多菌灵。
四、绿霉的防治
１、降低菇房的温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飞扬传播；
２、取生石灰９份、多菌灵１份、水适量拌匀，涂刷霉菌处；
３、生料栽培时，每１００公斤干料中添加克霉灵１００克，可彻底防止霉菌滋生；
４、在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后，再在其外围喷水；
５、用５％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排掉石灰水补上新料；
６、在霉菌处涂９５％的酒精或煤油，点火将其烧掉，然后挖除，填补新料。
五、细菌的防治 培养基灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间都要达到要求。培养基做好后，在３０℃的培养箱内放置一天后再用，以确保无细菌感染培养基。培养基内可加入抗生素，一般以每毫升１００－２００单位为宜。