蘑菇需要水，但蘑菇又怕水，因为水多了又会伤害菌丝，造成蘑菇减产。用水方法，前面我们已经谈过，不同的生育阶段各不相同。除了水的用法，大棚蘑菇的管理还需要注意以下几点：
一、病虫害预防
病虫对蘑菇威胁很大，一旦危害，后患无穷，有的甚至绝收。病虫预防的重点是：培养料进房前要进行杀螨，重视二次发酵，菇房事先消毒杀虫，菌种采用磷化铝熏蒸处理，覆土用甲醛、石灰或疣孢净、克霉灵处理，日常菇房常喷农药。
二、预防游离氨
氨对菌丝有毒害作用，使播下菌种失去活力。发现培养料具有氨味，应停止下种，用甲醛进行消氨处理。甲醛用量视培养料和含氨量的多少而定，熏蒸后再翻格平整。一般只要做到堆料时注意配料的碳氮比，氮肥使用不宜过多，化肥要适量控制，堆建时把氮肥一次性投放完毕，就可避免游离氨的产生。当然造成菌种不恢复，原因尚有二次发酵不彻底，下种期升温造成“烧菌”，培养发酵期延长，料腐熟过甚产生酸化及培养料过湿等均会发生不吃料现象。
三、防止大批死亡
蘑菇出菇阶段常会出现小菇萎缩、变黄而死亡，主要原因有如下几个方面：
1、持续高温出菇阶段气温高于23℃连续3天以上，菌蕾生长受到了温度的抑制，有利于菌丝的生长发育，从而使营养产生逆向输送，导至菌蕾既无营养也无水分而死亡。因此，出菇以后仍需有抗高温的准备，如采用南面搭荫棚，菇房屋面喷水，或用冰块降温以及适当推迟堆料，避开高温等措施。
2、养分不足培养料没有足够营养供给，如堆料中氮源不足，特别是缺少粪肥，碳氮比失调，堆积培养料嫌氧发酵，培养料薄而少，营养不足，或秋菇养分已耗尽致使春菇夭折。因此，要求优质料、发好酵、翻好料，提倡厚料栽培等以提供充足的养分。
3、菇房或菇棚通风不良菇房郁闷，长时间通风不良，特别是出菇阶段，子实体代谢旺盛，如关窗调水引起高温高湿使大批子实体死亡。
4、水分管理不当子实体不同的生长发育期对水分的要求是不同的。菌层缺水、覆土层没有足够的水分供应也会造成幼蕾死亡，或用水不清洁、长期喷过头水也会引起死亡。
5、渗透压太高多次用食盐水会增加渗透压，使菌蕾失去水分而死亡。
6、虫害孳生危害严重时会吃光菌丝，使菌蕾成批死亡。
7、滥用农药出菇期间使用农药，须按要求稀释正确。随意增加农药浓度会产生药害。禁止使用含有石化类乳化剂的农药。