化学消毒杀菌剂广泛用于食用菌生产过程中的消毒灭菌，其主要种类有：
重金属盐类 所有重金属盐类对微生物、人和动物都有毒害作用，如汞、银、铝、锌、铜等，使用时要特别注意。常用0.1％～0.2％升汞溶液对玻璃器皿、非金属器械及用于菌种分离的种菇、菇木进行表面消毒。
氧化剂 常用的氧化剂有高锰酸钾、过氧化氢、臭氧、过氧乙酸、漂白粉等。用0.1％～0.2％浓度的高锰酸钾液作用10～30分钟，可杀死微生物营养体2％～3％浓度的高锰酸钾液短时间作用可导致菌体和芽孢死亡。高锰酸钾水溶液暴露在空气中易分解，应随配随用。
还原剂 甲醛是常用的还原性消毒剂，商品福尔马林是含有37％～40％的甲醛溶液。5％的福尔马林可杀死细菌芽孢和真菌孢子。
表面活性剂 ①乙醇：以70％～75％酒精的消毒力最强。过高或过低消毒效果都差。常用于接种前的手指消毒及不耐热制品的消毒。②石炭酸：一般用5％的水溶液作消毒剂。配制时需先用热水溶化。③来苏尔（煤酚皂溶液）：为棕色黏稠液体，甲酚含量48％～52％，可溶于水，其杀菌力为石炭酸的4倍。④新洁尔灭：为淡黄色胶体状，具有芳香味，易溶于水，具表面活性作用，消毒特点是快速、彻底、高效。
其他消毒剂 ①石灰：石灰有生石灰和熟石灰之分，以4份生石灰加入1份水，即成熟石灰，并放出热，具有杀菌作用。②硫磺：硫磺常用于培菌室和出菇房等空间熏蒸杀菌。