菌种质量是平菇丰产的关键。优质的平菇二级菌种及三级菌种应有如下特征：菌丝浓密、洁白，长势均匀粗壮，呈绒毛状，有爬壁现象，在培养基表面有少量珊瑚状小菇蕾出现，菌龄以20～25天为宜，菌种断面菌丝明显，有明显的菇香味。如培养基表面出现大量子实体原基，说明菌种已成熟，要尽快使用。
在引种之前，必须弄清菌种的温型，然后根据自身条件及出菇温度确定菌种温型。8～9月投料栽培平菇，由于气温高，出菇期有时会出现30℃以上的高温，而进入10月后气温会逐步降低，为了确保高温和低温期间均能正常出菇，选用的菌种应是既能耐高温又能兼顾低温出菇的优良菌种。8月中旬至9月中旬栽培平菇，选用江都109、华丰1号；9月下旬至10月中旬栽培平菇，选用驻9703、P50；10月下旬至11月下旬栽培平菇，选用黑平王、8801。若选用的菌种温型不当，是不适宜作秋季栽培的，引种时一定要慎重。另外要根据当地的自然资源选择菌种，目前栽培平菇的主要原料为棉子壳和玉米心，不同品种分解培养料的能力不同，要选择适合培养料的菌种。