全州县境内共有河流123条,沿程曲长2182公里,其中主流1条,即湘江,湘江由兴安县界首流入县境,经凤凰、绍水、才湾、枧塘、全州镇、永岁、黄沙河、庙头等9个乡镇。于庙头镇岔岗流入湖南东安县境,流长110.1公里,河面宽约180米,有渡口24个,码头12个。为中原通往岭南的主要航道。其次为灌江,从灌阳县上马头流入境内经白水、两河、桂家、五桂岭、源东、江东、高峰、邓家埠、绕山到达水南村汇入湘江,境内流程32.4公里,全部能通行木船,共有渡口7个,为灌阳通往境内的主要航道。三为罗水,由长乡河、万乡河、山川河3条河流合汇而成,在县城三江口流入湘江,能通航10公里,有渡口3个,其它河流均能通木排竹筏。