全州县位于中原与岭南交接之地，湘江纵贯南北，水陆交通方便. 90年代后，为开发三江口旅游资源，县旅游局购置了4艘旅游船、滨江路沿万乡河边，还建置了十几艘餐厅船。客运量最大为境内各渡口横水渡船，年客流量约80万人次，货运量最大为县境内挖沙船，全县约130艘，年货运量为300万吨。境内河流上运输工具有木排、竹排、竹筏、木船、木壳、动力船、铁壳动力船、旅游船、横水渡船及各种打渔的小船、游艇。其中木船或动力船分为货运船和客船。
1990年，全县水上交通除捞沙船外，有船16艘192吨位（其中个体12艘152吨位），其中机动船10艘112吨，驳船6艘80吨，是年，水运完成货运量15万吨。
1995年，全县水上货运主要为挖沙船，在水晶岗库区挖沙船有17艘，年运输量为25万吨。是年，水运完成货运量50万吨。
1998年，全县有货运船165艘，主要从事捞沙、运货业务，水上货运量为25万吨，其中挖沙船130艘，吨位为2860吨，年货运量为250万吨。
2006年，水运完成水路货运量25.4万吨,水路客运量9.5万人。
境内水上客运，解放前没有专门运客的客船，只有装货的大木帆船装客或客货游装，解放后至80年代，庙头、黄沙河、永岁、全州镇等湘江航道上，开始有专门客船运客，2006年境内共有客运、横水渡船80只。
1989年，水晶岗电站蓄水发电后，随着三江水位的提高，三江口至邓家埠灌江水位也较平稳，而该地从陆地到县城也不太方便，因而村民们也购置圩客船搭客。1999年，桂林市旅游局送了两艘旅游船给全州，有客位50人，因游客较少，停在第一板大桥旁做餐厅。
1999年至2002年，在兆村至庙头航道航行的小客船有7艘，为村民赶集来坐的圩客船，均为钢壳机帆船，每船客位15人，年客运周转量为3.5万人次。
永岁至黄沙河航道有圩客船16艘，其中黄沙河镇6艘，均为钢壳机帆船，共有客位104位，年客运周转量为3万余人次。永岁乡有圩客船10艘，均为钢壳机帆船，共有客位161位，年客运周转量5万余人次。永岁乡源口水库还有2艘圩客船，共有客位34位。
全州镇有圩客船17艘，均航行在邓家埠至三江口灌江航道上，有钢壳船4艘，其余均为木壳船，共有客座316位，年周转量10余人次。另外，三江口上还有旅游船，休闲茶厅酒楼船，及养鱼用的小木船，由于均为非客业性客性，因而没有统计。